Исполнение обязательств по договору подряда на строительно-монтажные работы

Добрый день!

С заказчиком был заключён договор подряда на выполнение смр на реконструкции здания.

Сумма договора, первоначально, была 1,8 млн руб. В ходе выполнения работ сумма возросла до 3,2 млн руб.

Заказчик подписал:

- доп соглашение об увеличении стоимости договора

- приложения с новыми видами работ

- акты выполненных работ

После окончания всех работ и подписания доков, заказчик затянул оплату на срок, более 5 месяцев. После того, как суммы были оплачены, мы подали претензию на уплату пеней.

Сейчас заказчик подал встречную претензию о том, что договор более 3,0 млн руб и, вообще, договор должен быть расторгнут...

Хотя, о том, что у нашей компании нет членства СРО, мы говорили.

Правомерна ли из претензия и как нам быть?