Могу ли я продать комнату в общежитии с долей несовершеннолетнего при наличии разрешения опеки?

Здравствуйте! Если у Вас с сыном общедолевая собственность на комнату (а судя потому, что Вы пишите у Вас общедолевая собственность), то сделка требует обязательного нотариального удостоверения. 

Федеральный закон от 13.07.2015 N 218-ФЗ «О государственной регистрации недвижимости»

Статья 42. Особенности государственной регистрации права общей собственности на недвижимое имущество

… Сделки по отчуждению долей в праве общей собственности на недвижимое имущество, в том числе при отчуждении всеми участниками долевой собственности своих долей по одной сделке, подлежат нотариальному удостоверению…

Какие документы нужны и где взять справку об отсутствии задолженности за коммуналку?

Справка выдаётся УК, ТСЖ, либо отдельно  в  каждой в ресурсоснабжающей организации, всё зависит от того кто управляет домом. Посмотрите квитанции об оплате, в них указан адрес. 

И будет ли помехой то, что при приватизации я, как некоторые соседи, не ездила на Плехановскую г.Воронеж и не оформляла какой-то договор, после чего они (соседи, кто оформляли) получали квитанцию дополнительную за капитальный ремонт?

Поэтому вопросу не совсем понятно о чём речь, нужно  смотреть Ваши документы, чтобы разобраться.